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第1章　绪论1

1.1　核酸碱基的正常结构与异构体研究4

1.2　碱基与电子作用的研究6

1.3　碱基质子化的研究9

1.4　碱基与溶剂水分子作用的研究11

1.5　碱基与金属离子作用的研究13

1.6　碱基与其它客体分子作用的研究17

1.7　小结19

1.8　我们的工作19

参考文献21

第2章　研究方法及其理论基础30

2.1　第一性原理与Hartree-Fock近似31

2.2　从头计算方法（ab initio Method）33

2.3　密度泛函方法（DFT）35

2.4　分子力学方法和分子动力学方法38

2.5 Gaussian98（03）程序40

2.5.1　程序功能41

2.5.2　结构优化与频率分析41

2.5.3　分子轨道分析48

2.5.4 自然键轨道分析48

2.5.5　分子中的原子（AIM）分析50

2.5.6　分子间相互作用的研究方法52

2.5.7　过渡态的寻找计算56

参考文献56

第3章　碱基-BH3复合物的研究59

3.1 引言59

3.2　胸腺嘧啶-BH3复合物60

3.2.1　计算方法60

3.2.2　结果与讨论61

3.2.3 小结70

3.3　鸟嘌呤-BH3复合物70

3.3.1　计算方法70

3.3.2　结果与讨论71

3.3.3 小结81

3.4　腺嘌呤-BH3复合物82

3.4.1 计算方法82

3.4.2　结果与讨论83

3.4.3 小结90

3.5　胞嘧啶-BH3复合物91

3.5.1　计算方法93

3.5.2　结果与讨论93

3.5.3 小结99

3.6　尿嘧啶-BH3复合物100

3.6.1　计算方法101

3.6.2　结果与讨论101

3.6.3 小结106

参考文献107

第4章　碱基-BX3（X=F,Cl）复合物的研究111

4.1　引言111

4.2　鸟嘌呤-BX3（X=F,Cl）复合物112

4.2.1　计算方法112

4.2.2　结果与讨论113

4.2.3 小结125

4.3　腺嘌呤-BX3（X=F,Cl）复合物126

4.3.1 计算方法126

4.3.2　结果与讨论126

4.3.3 小结136

4.4　胞嘧啶-BX3（X=F,Cl）复合物136

4.4.1　计算方法136

4.4.2　结果与讨论137

4.4.3 小结149

4.5　尿嘧啶-BX3（X=F,Cl）复合物150

4.5.1 计算方法150

4.5.2　结构与讨论151

4.5.3 小结163

参考文献163

第5章　碱基-CO复合物的研究165

5.1 引言165

5.2　计算方法166

5.3　结果与讨论166

5.3.1　复合物的几何结构172

5.3.2　复合物的结合能与稳定性173

5.3.3　复合物的振动分析174

5.3.4 自然键轨道分析175

5.3.5　复合物的AIM分析176

5.4　小结176

参考文献177

第6章　碱基-NO复合物的研究179

6.1　引言179

6.2　计算方法180

6.3　结果与讨论181

6.3.1　复合物的几何结构186

6.3.2　复合物的结合能与稳定性187

6.3.3　复合物的振动分析188

6.3.4　自然键轨道分析189

6.3.5　复合物的AIM分析190

6.4　小结190

参考文献191

第7章　主要结论与展望193

7.1　主要结论193

7.2　展望196